Yagyū Munenori unterrichtete die Tokugawa-Shogune in der Schwertkunst, und ein Zen-Mönch schrieb für ihn auf, wo der Geist eines Kämpfers sein soll, wenn eine Klinge auf ihn zukommt. Takuan Sōhōs Antwort lautete: nirgends. Ein Geist, der am Schwert des Gegners haftet, am eigenen oder am rechten Augenblick, bleibt dort stehen, und diesem Stehenbleiben gab er einen buddhistischen Namen, die Trübung des Verweilens im Nichtwissen. Ein Geist, der auf nichts ruht, ist frei, überallhin zu gehen. Wer auf ein einziges Blatt eines Baumes schaut, schrieb er, für den sind die anderen Blätter so gut wie nicht vorhanden; wer auf keines schaut, vor dem steht der ganze Baum auf einmal. Mit demselben Maßstab prüfte er eine Technik, die Kämpfer wie Meditierende lernten – den Geist knapp unterhalb des Nabels zu halten –, und stufte sie niedrig ein, weil ein Geist, dem man befiehlt, an einem Ort zu bleiben, von dem Befehl festgehalten wird. Kein Original seines Textes, The Mysterious Record of Immovable Wisdom, ist erhalten, und sein Datum ist unsicher.
Takuan schrieb diesen Text aus der Mitte des japanischen Zen heraus. Sein Vater diente den Yamana, den Herren von Tajima, deren Haus den Truppen Oda Nobunagas erlag, als der Junge acht war; mit zehn trat er als Novize in einen Tempel ein. Er übte im Daitoku-ji in Kyoto, dem Kloster, das Shūhō Myōchō drei Jahrhunderte zuvor gegründet hatte, und wurde 1609 dessen Abt, ein Amt, das er nach drei Tagen niederlegte. Später schlug er eine Einladung Toyotomi Hideyoris aus, des Erben des verstorbenen Herrschers Japans. 1638 lehnte er den Titel eines Reichslehrers ab, den ihm der abgedankte Kaiser Go-Mizunoo anbot, und bat, ihn stattdessen postum Tettō Gikō zu verleihen, Shūhōs Schüler und Nachfolger im Daitoku-ji. Er schrieb auch die Lebensbeschreibung Shūhōs, des Gründers des Daitoku-ji: eine 1617 vollendete Chronik, die jedem Ereignis ein Datum gab, manche aus Dokumenten übernommen, andere nach dem Urteil des Historikers Kenneth Kraft nicht überprüfbar.
Das Shogunat bescherte ihm seine schwersten Jahre. Seine neuen Gesetze verlangten für Ernennungen im Daitoku-ji die Zustimmung Edos, und 1627 erklärte es die Purpurgewänder für ungültig, die Go-Mizunoo, damals Kaiser, hohen Mönchen ohne Rücksprache verliehen hatte. Takuan führte den Protest von Daitoku-ji und Myōshin-ji mit an und entwarf seine Eingabe. 1629 wurde ihm in Edo der Prozess gemacht, und er wurde nach Kaminoyama in der nördlichen Provinz Dewa verbannt, wo der örtliche Fürst Toki Yorioki ihm eine Einsiedelei baute. Nach dem Tod des abgedankten Shoguns Hidetada folgte 1632 eine allgemeine Amnestie, und Munenori gehörte zu denen, die sich dafür einsetzten. Munenori und der Mönch Tenkai, ein Berater der Shogune, brachten Takuan dann vor den dritten Shogun, Iemitsu. Iemitsu rief ihn zu Vorträgen nach Edo, setzte ihn 1639 als ersten Abt des Tōkai-ji ein, eines Tempels, den er für ihn in Shinagawa erbaut hatte, und stellte 1641 die Rechte wieder her, die die beiden Klöster verloren hatten.
Die Kampfkünste nahmen das Buch für sich in Anspruch. Imamura Yoshio, ein Historiker der Familie Yagyū, nannte es das erste Werk, das den inneren Sinn des kriegerischen Weges aus dem Zen erklärt, und Eugen Herrigels Zen in der Kunst des Bogenschießens brachte einen Teil davon westlichen Lesern nahe. Der Forscher Brian Victoria vertrat in Zen at War, Takuans Lehre vom leeren Gegner habe das Töten erlaubt und das buddhistische Gebot gegen das Töten gebrochen – eine Lesart, die andere bestreiten.
Er starb in Edo; der Überlieferung nach schrieb er, bevor er den Pinsel ablegte, ein einziges Schriftzeichen: yume, „Traum“. Sowohl Iemitsu als auch Go-Mizunoo hatten ihn gebeten, einen Erben seiner Lehre zu benennen, und er benannte keinen; seine letzten Weisungen nannten jeden, der sich als sein Erbe ausgab, einen Dieb des Dharma. Peter Haskel, ein Übersetzer seiner Schriften, liest darin Takuans Auffassung, dass der Geist des Zen überall dort besteht, wo ein Übender ihn verwirklicht, mit oder ohne die Bestätigung eines Lehrers.