Preußen zählte seine Juden. Das revidierte Generalprivileg von 1750 teilte sie in Klassen und band das Wohnrecht an einen königlichen Schutzbrief; wer keinen hatte, war geduldet und sonst nichts. In denselben Jahren stritten die Berliner Gelehrten über Toleranz — und meinten damit fast immer eine Milde, die die Mehrheit gewährt und jederzeit wieder einziehen kann. Wer ihnen widersprach, führte tagsüber die Bücher einer Seidenmanufaktur. Sein Einwand ließ sich in einen Satz fassen: Kein Gewissen darf gezwungen werden, weder vom Staat noch von der Kirche, und die eigene Gemeinde ist ausdrücklich mitgemeint.
Nach Berlin kam er 1743, vierzehnjährig, seinem Dessauer Lehrer David Fränkel hinterher, den die Stadt zum Oberrabbiner berufen hatte. Deutsch, Latein, Französisch und Englisch brachte er sich selbst bei, Locke, Leibniz und Wolff dazu. Zu leben hatte er von der Seidenmanufaktur des Isaak Bernhard: 1750 als Hauslehrer, 1754 als Buchhalter, 1761 als Geschäftsführer, nach Bernhards Tod 1768 als Teilhaber. Philosophiert wurde abends. 1763 gewann er den Preis der Berliner Akademie mit der Abhandlung über die Evidenz in den metaphysischen Wissenschaften; Kant hatte ebenfalls eingereicht und unterlag. Im selben Jahr gewährte ihm Friedrich II. ein Schutzprivileg — auf seine Kinder ging es nicht über. 1767 beantwortete der Phädon die Frage, ob die Seele unsterblich sei; das Buch wurde ein Erfolg und in zehn Sprachen übersetzt.
Zwei Jahre darauf widmete ihm der Zürcher Pfarrer Johann Caspar Lavater öffentlich eine Übersetzung und forderte ihn auf, die Beweise des Naturforschers Charles Bonnet für das Christentum zu widerlegen oder selbst Christ zu werden. Die Falle war sauber gestellt: Wer schwieg, räumte ein; wer angriff, griff die Religion an, von deren Duldung er lebte. Mendelssohn prüfte das Christentum mit keinem Wort und beharrte darauf, dass niemand einen anderen über dessen Glauben verhören dürfe. 1771 brach er zusammen; die Metaphysik musste auf ärztliche Anweisung jahrelang ruhen. In dieselbe Zeit fiel seine Wahl in die Akademie — der König bestätigte sie nicht.
Danach verschob sich sein Thema. Es ging nicht mehr um die Unsterblichkeit der Seele, sondern darum, unter welchen Bedingungen ein Mensch überhaupt öffentlich denken darf. 1780 baten ihn elsässische Juden um eine Eingabe gegen die Sonderabgaben, die sie trafen. Er gab den Auftrag an den preußischen Beamten Christian Konrad Wilhelm Dohm weiter, dessen Über die bürgerliche Verbesserung der Juden 1781 erschien, und schrieb 1782 die Vorrede zu Menasse ben Israels Rettung der Juden. Ein anonymer Gegner hielt ihm daraufhin vor, er säge am eigenen Ast: Sein Judentum beruhe doch selbst auf Bann und Zwang.
Die Antwort erschien 1783 als Jerusalem oder über religiöse Macht und Judentum und trennt zwei Dinge, die das Jahrhundert zusammendachte. Der Staat regelt Handlungen und verfügt deshalb über Zwang; die Religion zielt auf Überzeugungen, und Überzeugungen lassen sich nicht befehlen. Also steht keiner Gemeinde ein Bannrecht zu, der jüdischen so wenig wie irgendeiner anderen. Und das Judentum, so das zweite Argument, sei gar keine geoffenbarte Religion, sondern eine geoffenbarte Gesetzgebung: Es verpflichte zu Handlungen, nicht zu Glaubenssätzen, denn was über Gott zu wissen ist, steht jedem Menschen durch die Vernunft offen. Ein Jude konnte damit Bürger sein, ohne das Gesetz preiszugeben. Beide Seiten hörten die Hälfte, die ihnen missfiel.
Praktisch wurde derselbe Gedanke in der Bibelübersetzung von 1780 bis 1783: der Pentateuch auf Deutsch, in hebräischen Lettern neben den Urtext gedruckt, dazu der hebräische Kommentar Bi'ur. Am vertrauten Text sollten die Leser die fremde Sprache lernen. Rabbiner verboten das Buch. Aus dem Kreis um Mendelssohn wuchs trotzdem die Haskala, die jüdische Aufklärung.
Die letzten Monate verbrauchte der Streit um den toten Lessing, den Friedrich Heinrich Jacobi zum Spinozisten erklärt hatte. Die Erwiderung An die Freunde Lessings trug Mendelssohn am Abend des 31. Dezember 1785 selbst zur Druckerei; vier Tage später war er tot. Seine Metaphysik überholte Kant binnen weniger Jahre. Ob Jerusalem ein modernes Judentum begründet oder eine Linie gezogen hat, die keine spätere Generation halten konnte, ist bis heute nicht entschieden.