Von der Philosophie des Arztes, den das lateinische Europa Rhazes nannte, ist das meiste nur in den Büchern von Männern erhalten, die ihn widerlegen wollten. Abū Bakr Muḥammad ibn Zakariyyāʾ al-Rāzī machte sich in der Medizin einen Namen. Seine Biographen berichten, er habe ein Krankenhaus in seiner Heimatstadt Rayy nahe dem heutigen Teheran geleitet und ein weiteres in Bagdad. Für seinen Gönner Abū Ṣāliḥ al-Manṣūr, den Statthalter von Rayy, schrieb er ein medizinisches Handbuch, das Kitāb al-Manṣūrī. In al-Sīra al-falsafiyya zählt er fast zweihundert eigene Bücher, Abhandlungen und Sendschreiben auf. Von seinen philosophischen Werken sind nur zwei vollständig erhalten, und beide handeln davon, wie man leben soll.
Durch all das zieht sich ein Vertrauen in die Vernunft. Gott, so sah es al-Razi, gibt die Vernunft (ʿaql) jedem Menschen in gleichem Maß, und sie allein genügt, um über jede Autorität zu urteilen, wie groß sie auch sei. Galen, den griechischen Arzt des zweiten Jahrhunderts, hielt er für die größte medizinische Autorität und schrieb dennoch ein ganzes Buch, al-Shukūk ʿalā Jālīnūs (sinngemäß: Zweifel an Galen), das auflistet, wo Galen irrte. Galen selbst, so seine Begründung, habe ja seine Vorgänger kritisiert. Als Galen argumentierte, die Welt müsse ewig sein, weil sie sich nie zu verändern scheine, hielt al-Razi dagegen, ein Gebäude könne zeitalterlang unverändert stehen und dann mit einem Schlag einstürzen.
Sein Weltbild ist aus feindseligen Berichten bekannt, vor allem von zwei ismailitischen Autoren: Abū Ḥātim al-Rāzī und Nāṣir-i Khusraw, einem Perser des elften Jahrhunderts. (Die Ismailiten, ein Zweig des schiitischen Islam, lehren, dass die Gläubigen einen Imam brauchen, einen religiösen Führer, der sie zum wahren Verständnis des Islam leitet.) Ihren Darstellungen zufolge gibt es fünf ewige Prinzipien: Gott, die Seele, die Materie, die Zeit und den Raum. Die Welt ist wohlgeordnet und doch voller Leid, also kann Gott sie nicht unmittelbar geschaffen haben. Die Seele, töricht, wo Gott weise ist, begehrte, sich mit der Materie zu vermischen; Gott formte daraufhin das Ergebnis so gut, wie es sich formen ließ, und gab der Seele die Vernunft, damit sie lernen könne, sich zu befreien. Die Materie selbst besteht nach dieser Lehre aus Atomen und leerem Raum. Vier ewige Prinzipien neben Gott: Für Abū Ḥātim und Nāṣir-i Khusraw war das eine schwere Abkehr vom Islam.
Größeren Anstoß erregten al-Razis Ansichten über das Prophetentum. Abū Ḥātim schildert Streitgespräche von Angesicht zu Angesicht, in denen al-Razi argumentierte, es wäre ungerecht von Gott, nützliches Wissen nur wenigen Auserwählten zu geben; durch Offenbarung eingesetzte Führer stifteten unter ihren Anhängern bloß Streit; und Gläubige, die eine Lehre allein auf Autorität hin annehmen, gebrauchten die Vernunft nicht, die Gott ihnen gegeben hat. Al-Razis Bücher über das Prophetentum sind verloren, und die Gelehrten sind uneins darüber, was in ihnen stand. Manche sehen in ihm einen Freigeist, der jede Offenbarung verwarf. Andere verweisen auf Fakhr al-Dīn al-Rāzī, einen Theologen aus derselben Stadt, der Jahrhunderte später schrieb: Er berichtet, al-Razi habe den Koran so ausgelegt, dass er mit seiner eigenen Philosophie übereinstimme. Einige vermuten, al-Razis eigentliches Ziel sei die ismailitische Lehre vom Imam gewesen.
In den beiden ethischen Werken spricht er für sich selbst. al-Ṭibb al-rūḥānī (sinngemäß: Die geistige Heilkunst), für denselben Statthalter al-Manṣūr geschrieben, behandelt Neid, Zorn und Todesfurcht so, wie sein Handbuch die Krankheiten des Körpers behandelt. al-Sīra al-falsafiyya (sinngemäß: Die philosophische Lebensweise) antwortet Kritikern, die ihn einen Heuchler nannten: Er berufe sich auf Sokrates als Vorbild, lebe aber unter Menschen und verdiene seinen Unterhalt. Sokrates, erwiderte er, habe seine frühe Strenge mit den Jahren abgelegt. Aufgabe des Philosophen sei es, Gott nachzuahmen, soweit ein Mensch es vermag: durch Wissen, Gerechtigkeit und Barmherzigkeit – eine Barmherzigkeit, die auch die Tiere einschließe. Auf denselben Seiten erwähnt er, dass jahrelanges Lesen und Abschreiben seine Augen und eine Hand geschädigt habe. Eine dritte Abhandlung, über Natur und Bewegung, wurde unter seinen Schriften gedruckt, doch einige Gelehrte bezweifeln, dass sie von ihm stammt. Alle drei liegen hier auf Arabisch vor.
Ismailitische Autoren griffen ihn weiter an; Maimonides, der jüdische Philosoph, attackierte im Führer der Unschlüssigen seine Erklärung des Leids; und Avicenna urteilte, er habe sich in Medizin und Philosophie gleichermaßen übernommen. Nur wenige spätere Philosophen nahmen seine Gedanken auf, dem Arzt aber erging es besser. Unter dem Namen Rhazes erlebten seine medizinischen Bücher in Europa vor 1700 siebenundsechzig gedruckte Ausgaben. Über seine Lebensdaten sind sich die Nachschlagewerke uneins: Die Stanford Encyclopedia of Philosophy nennt 865 bis 925, die Britannica um 854 für seine Geburt und 925 oder 935 für seinen Tod. Seine erhaltenen philosophischen Schriften sammelte der Arabist Paul Kraus; gedruckt wurden sie 1939 in Kairo.