Frankreich hatte in fünfundzwanzig Jahren einen König, eine Republik und ein Kaiserreich verbraucht und sich auf nichts festgelegt. Jede neue Verfassung war gegen die vorige geschrieben. Die alte Ordnung — katholisch, erblich, Gott verantwortlich — war geistig am Ende, und die Philosophie, die sie beendet hatte, konnte mit ihren Naturrechten und Gesellschaftsverträgen niederreißen, aber nicht bauen. Comtes Diagnose, die seinen Namen machte: ein politisches Versagen war das gar nicht. Gesellschaften halten durch gemeinsame Überzeugung zusammen, und Europa hatte keine mehr; keine Anordnung von Ministerien würde halten, solange die Menschen sich nicht wieder einig waren, was wahr ist. Über Meinungen musste entschieden werden wie in der Astronomie und in der Chemie — durch Belege, die keine Fraktion überstimmen konnte.
Das ganze Programm legte er im Mai 1822 vor, mit vierundzwanzig, in einer Broschüre, die er dreißig Jahre später noch immer sein grundlegendes Werk nannte. Qualifiziert war er dafür in keiner Weise. Die École Polytechnique wurde 1816 zur Reorganisation geschlossen und ihre Schüler entlassen; als sie wieder öffnete, bat er nie um Wiederaufnahme, und einen Abschluss erwarb er nicht. Er fand Anstellung als Sekretär des reformerischen Aristokraten Henri de Saint-Simon, von dem er den Gedanken übernahm, die Industriegesellschaft brauche eine neue geistliche Macht, und mit dem er 1824 im Groll brach.
Der Anspruch, der unter allem liegt, was er schrieb, ist knapp genug, um ihn mitzunehmen: Das menschliche Erklären durchläuft drei Stadien, und die Erforschung der Gesellschaft erreicht das dritte als letzte. Im theologischen Stadium geschehen die Dinge, weil ein Wille sie will. Im metaphysischen treten an die Stelle der Willen Abstraktionen — Natur, Wesen, die Menschenrechte —, die nicht besser erklären. Im positiven fragt man nicht mehr nach dem Warum, sondern beschreibt die konstanten Beziehungen zwischen beobachtbaren Tatsachen und sagt mit ihnen voraus.
Diesen Übergang hatten die Wissenschaften in der Reihenfolge ihrer Schwierigkeit vollzogen: die Astronomie, dann die Physik, die Chemie, die Biologie. Die Gesellschaft war der komplexeste Fall, also der letzte, also immer noch in den Händen von Theologen und Juristen. Damit wollte Comte Schluss machen. Im Cours de philosophie positive prägte er 1839 das Wort Soziologie — die „soziale Physik“ hatte er aufgegeben, weil der Statistiker Adolphe Quetelet sie für sich genommen hatte.
Das Programm auszuführen hätte ihn beinahe zerstört. 1826 eröffnete er einen öffentlichen Kurs vor Zuhörern, unter ihnen Fourier, Poinsot und Alexander von Humboldt, hielt drei Vorlesungen und brach zusammen; in der vierten Woche blieben die Türen geschlossen. Man wies ihn in eine Klinik ein, und 1827 ging er vom Pont des Arts in die Seine und wurde herausgezogen. 1829 nahm er den Kurs wieder auf und schloss die sechs Bände 1842 ab. Ab 1838 übte er, was er zerebrale Hygiene nannte: Er las die Arbeiten anderer nicht mehr, damit das System sein eigenes bliebe — Disziplin und Mauer zugleich. Zum Professor wurde er nie ernannt. Sein Examinatorenamt an der Polytechnique wurde 1844 nicht verlängert und kostete ihn die Hälfte seines Einkommens; die letzte Stelle verlor er 1852. Danach lebte er von Subskriptionen, die Bewunderer aufbrachten, zuerst englische, unter ihnen John Stuart Mill, später französische.
1844 traf er Clotilde de Vaux; sie starb im April 1846, und alles kehrte sich um. Die zweite Hälfte seines Lebens ging in eine Religion der Menschheit — mit einem Kalender weltlicher Heiliger, mit Sakramenten nach katholischem Vorbild und mit Comte als ihrem Hohepriester. Mill, der mehr als jeder andere dafür getan hatte, ihn auf Englisch lesbar zu machen, verurteilte das Ergebnis als Bauplan einer Despotie. Émile Littré, sein engster französischer Schüler, brach 1852 mit ihm — an der Religion und daran, dass Comte den Staatsstreich Louis-Napoléons begrüßte.
Er starb im September 1857 in Paris. Der Schnitt, den diese beiden Männer zogen — der strenge frühe Comte gegen den späten Propheten —, ist bis heute der Streit, den die Forschung über ihn führt. Seine Kirchen schrumpften, schlossen aber nie ganz: In Porto Alegre, Curitiba und Rio de Janeiro stehen noch positivistische Tempel, und die Kapelle in Paris besteht fort; Brasilien setzte 1889 seinen Wahlspruch von Ordnung und Fortschritt auf die Flagge und hat ihn nicht wieder heruntergenommen. Was überlebt hat, ist fremder als eine Kirche: die Disziplin, das Wort und die Annahme, dass Aussagen darüber, wie Gesellschaften funktionieren, sich vor Belegen verantworten müssen. Das ist heute so selbstverständlich, dass kaum jemand noch weiß, dass es einmal vorgeschlagen wurde.