Auf dem Hiei, dem Berg über Kyoto, auf dem die Tendai-Schule ihren Hauptsitz hatte, lehrte man die Mönche, jedes Wesen sei von Natur aus erleuchtet. Dōgen stieg 1212, noch ein Knabe, auf den Berg, um Mönch zu werden. Das Kenzeiki, eine im 15. Jahrhundert in Eihei-ji zusammengestellte Biographie, erzählt, die Lehre habe ihm eine einzige Frage hinterlassen: Wenn wir bereits erleuchtet sind, warum suchten die Buddhas aller Zeiten dennoch das Erwachen und übten? Niemand auf dem Hiei habe sie beantwortet, so der Bericht. Er wechselte nach Kennin-ji in Kyoto, den Tempel Eisais, des Mönchs, der eine Generation zuvor das Zen aus China gebracht hatte, und 1223 segelte er mit Myōzen, Eisais Nachfolger in Kennin-ji, ins China der Song.
Seine eigenen Schriften bewahren die Erinnerung an das, was er dort fand. Im Tenzo kyōkun, seinen 1237 verfassten Anweisungen für den Koch, erinnert er sich an einen alten Mönch, den Koch von Tiantong, dem Kloster, in dem er später übte: Er trocknete auf den heißen Ziegeln eines Hofes Pilze. Dōgen fragte, warum ein Mann von achtundsechzig die Arbeit nicht Helfern überlasse; der Koch antwortete, andere seien nicht er selbst, und fragte, auf welche andere Zeit er denn warten solle. 1225 begann Dōgen in Tiantong unter Rujing zu üben, einem Meister der Caodong-Linie des Chan, und 1227 bestätigte Rujing ihn als seinen Nachfolger. Spätere Biographien erzählen, er sei erwacht, als er Rujing vom Abwerfen von Körper und Geist sprechen hörte; die Wendung zieht sich durch alles, was er danach schrieb.
Der Gedanke, für den man sich an ihn erinnert, beantwortet die Frage, die er der Überlieferung zufolge vom Hiei mitnahm: Übung und Erwachen sind eins. Das Sitzen in Meditation, zazen, ist kein Mittel, das später Erleuchtung hervorbringt; es ist Erleuchtung, die sich vollzieht. Die Buddhas übten, weil Üben das ist, was Erwachen tut. Zu den ersten Texten nach seiner Rückkehr gehört das Fukanzazengi, eine Anleitung zum Zazen, die das Sitzen jedem empfahl, Laien und Frauen eingeschlossen; 1231 legte er den Gedanken im Bendōwa dar, dem „Gespräch über das Bemühen um den Weg“.
Einen großen Teil dieser Lehre schrieb er auf Japanisch, zu einer Zeit, als Zen-Schrifttum in Japan in klassischem Chinesisch verfasst wurde. In den Essays und Lehrreden aus zweiundzwanzig Jahren, später gesammelt als Shōbōgenzō, „Schatzkammer des wahren Dharma-Auges“, trieb er die klassischen Texte so weit, dass sie mehr sagten, als ihre Verfasser gemeint hatten. Wo das Nirvana-Sutra sagt, alle Lebewesen hätten die Buddha-Natur, las er, alle Wesen seien Buddha-Natur, die Vergänglichkeit eingeschlossen.
Die Tendai-Hierarchie ging gegen das neue Zen vor. Dōgen zog 1230 aus Kyoto in einen verlassenen Tempel in Uji, eröffnete 1233 Kōshōji in Fukakusa südlich der Stadt und nahm 1243 das Angebot Hatano Yoshishiges an, eines Gönners aus dem Kriegeradel, seine Gemeinschaft in die Provinz Echizen weit im Norden zu verlegen. Der Tempel, den seine Anhänger dort bauten, wurde 1246 in Eihei-ji umbenannt. In jenen Jahren griff er Dahui Zonggao an, den einflussreichsten chinesischen Meister des vorangegangenen Jahrhunderts, und die Rinzai-Lehrer, die ihm folgten. Als Hōjō Tokiyori, der Regent, der für den Shōgun regierte, ihn 1247 nach Kamakura rief, ging er hin und war im Jahr darauf wieder in Eihei-ji. 1252 erkrankte er, 1253 starb er in Kyoto.
Seine Schule wuchs über die Nachfolger seiner Nachfolger, vor allem Keizan, den Gründer von Sōji-ji, und heute sind Eihei-ji und Sōji-ji die beiden Haupttempel des Sōtō-Zen. Seine Essays hatten jahrhundertelang vor allem innerhalb dieser Schule Gewicht, die 1722 sogar versuchte, ihren Druck zu verbieten. 1890 stellten ein Laie, Ōuchi Seiran, und zwei Äbte daraus einen kurzen Text zusammen, das Shushōgi, um Laienanhängern Dōgens Lehre zu erklären. 1926 nahm der Philosoph Watsuji Tetsurō ihn für die Geschichte des japanischen Denkens in Anspruch, und danach griff die Kyoto-Schule der Philosophie ihn auf.