Um die Mitte des 18. Jahrhunderts war sich das gebildete Europa über eine Erzählung einig, die es von sich selbst erzählte: Das Wissen wachse, die Sitten würden milder, und mit beidem werde der Mensch besser. In Paris entstand Band für Band die Encyclopédie, die genau das vorführen sollte. Zu denen, die dort die Artikel über Musik schrieben, gehörte der Sohn eines Genfer Uhrmachers — seinen eigenen Entwurf einer einfacheren Notenschrift hatte die Académie des Sciences gelobt und abgelehnt.
Im Oktober 1749 machte er sich zur Festung Vincennes auf, um Diderot zu besuchen, der wegen eines Essays über die Blinden einsaß. Unterwegs las er, dass die Akademie von Dijon einen Preis ausgeschrieben hatte, für die beste Antwort auf die Frage, ob die Wiedergeburt der Künste und Wissenschaften die Sitten gebessert habe. Er antwortete: nein. 1750 sprach die Akademie ihm den Preis zu; die nächsten zwanzig Jahre arbeitete er heraus, warum er recht gehabt hatte.
Der Satz, aus dem alles Weitere wächst, steht in einer Zeile: Von Natur aus sind die Menschen anständig, grausam macht sie erst die Ordnung, in der sie leben. Nicht schlechte Könige also, sondern die Zivilisation selbst — der ganze Apparat aus Höflichkeit, Eigentum, Ansehen und Verfeinerung, den seine Freunde gerade als Fortschritt verbuchten. Er griff die Aufklärung von innen an, in ihren eigenen Zeitschriften und mit ihrem eigenen Werkzeug.
Den Mechanismus lieferte 1755 der Diskurs über die Ungleichheit. Kaum etwas von dem, was den Reichen vom Armen trennt, ist natürlich; es ist gemacht, und angefangen hat es, so das Argument, mit dem ersten Menschen, der ein Stück Land einzäunte und Leute fand, die bereit waren, ihm zu glauben. Angetrieben wird das Ganze von einer Unterscheidung, die er sorgfältig zog: Der schlichte Trieb, der ein Geschöpf am Leben und satt hält, ist das eine; das ruhelose Bedürfnis, in den Augen der anderen gut dazustehen, ein anderes. Nur das zweite ist erlernt. Es bringt Eitelkeit hervor, Unterwürfigkeit und jenes Vergleichen, das eine Gesellschaft unglücklich macht, der es gut geht — und es ist zugleich, darauf bestand er, was Gesellschaft überhaupt erst möglich macht. Abschaffen wollte er es nie, und in die Wälder zurück wollte er auch nicht.
Sein eigener Vorschlag war schwerer, und er kam 1762 in zwei Büchern, die einen Monat auseinander erschienen. Vom Gesellschaftsvertrag hielt fest, dass weder ein Herrscher noch eine Wahl noch die Überlieferung ein Gesetz legitim macht: Frei ist ein Volk nur, wenn es Regeln gehorcht, die es sich wirklich selbst gegeben hat, und wer als Bürger zu deren Einhaltung gezwungen wird, ist nicht geknechtet, sondern beim eigenen Wort genommen. Emile fragte, wie ein Kind erzogen sein müsste, um dazu fähig zu sein — und enthielt das Glaubensbekenntnis eines Landpfarrers: eine Religion aus dem Gewissen und der sichtbaren Welt, nicht aus der Kirche.
Dieser Pfarrer kostete ihn alles. Das Parlement von Paris verurteilte Emile und ließ das Buch verbrennen, Genf verbrannte beide Bücher und erließ einen Haftbefehl. Ein Jahrzehnt lang hatte auf seinen Titelblättern „Bürger von Genf“ gestanden; im Mai 1763 legte er das Bürgerrecht nieder. 1764 teilte eine anonyme Schrift — sie stammte von Voltaire — der Öffentlichkeit mit, dass der Autor eines gefeierten Erziehungsbuchs alle fünf seiner Kinder im Pariser Findelhaus abgegeben hatte, wo die meisten Säuglinge starben. Es stimmte. Im September 1765 flogen in Môtiers Steine gegen sein Haus.
Seine Antwort darauf war die Erfindung einer Form. Die Bekenntnisse, erschienen 1782, vier Jahre nach seinem Tod, unternahmen es, ein Leben von innen zu geben, das Schäbige eingeschlossen, wie es keine Autobiografie vor ihnen getan hatte. Er war nach Paris zurückgekehrt und kopierte Noten seitenweise für Geld.
1794 überführte die Revolution seine Gebeine ins Panthéon. Die Romantik erbte sein Gefühl und ließ seine Politik liegen, und über die Politik sind die Gelehrten bis heute geteilt: So gelesen ist der Gemeinwille Selbstregierung, anders gelesen die Lizenz einer Mehrheit, einem Andersdenkenden zu sagen, was er in Wahrheit will.
Mary Wollstonecraft hatte schon 1792 bemerkt, dass seine freien Bürger samt und sonders Männer waren und dass die Erziehung, die er für Mädchen entwarf, allem widersprach, was er sonst geschrieben hatte.