Das aufgeklärte Europa hatte gelernt, im Privaten zu zweifeln und sich im Gedruckten zu decken. Voltaire spottete über die Priester und behielt seinen Gott. Diderot kam 1749 wegen einer Schrift über die Blinden ins Gefängnis und schrieb seine kühnsten Bücher fortan für die Schublade. Die offene Frage war längst nicht mehr, ob sich die Kirchen blamieren ließen, sondern ob ohne sie überhaupt noch etwas trug — ob ein Universum aus nichts als Materie dem Einzelnen noch Boden unter den Füßen ließ, wenn er zu entscheiden hatte, wie er leben solle. Öffentlich beantwortet hatte sie niemand. Dann beantwortete sie ein reicher deutscher Baron in Paris in zwei Bänden und setzte den Namen eines Toten aufs Titelblatt.
System der Natur erschien 1770 unter dem Namen Jean-Baptiste de Mirabauds, eines seit zehn Jahren toten Akademiemitglieds. Die Argumentation läuft ohne Lücke und ohne Gott. Die Natur ist Materie in Bewegung und sonst nichts; der Geist ist das, was ein lebendes Gehirn tut, also überdauert nichts den Körper; jedes Ereignis folgt notwendig aus dem vorhergehenden, was den freien Willen zu einem Gefühl macht und nicht zu einer Tatsache; die Religion beginnt in der Furcht vor Ursachen, die niemand sehen kann. Und die Moral übersteht das alles unbeschädigt, denn was die Menschen wirklich wollen, ist glücklich zu sein, und glücklich wird niemand unter Menschen, denen er Unrecht getan hat.
Das war nicht die Laune eines Provokateurs. Es war der Schluss, zu dem ein Übersetzer naturwissenschaftlicher Fachliteratur bei der Arbeit kam. Zwischen 1752 und 1765 schrieb er rund vierhundert namentlich gezeichnete Artikel für Diderots Encyclopédie, die meisten über Chemie, Mineralogie und Metallurgie, und im selben Jahrzehnt brachte er die deutschen Mineralogen ins Französische — Wallerius 1753, Henckel 1756, Lehmann 1759. Er war das Mineralreich Substanz für Substanz durchgegangen. Die Materie, so genau und so lange gehandhabt, erwies sich immer wieder als genug.
Den Rest bezahlte das Haus. Das 1753 vom Onkel geerbte Vermögen finanzierte in der Rue Royale eine Tafel, die dreißig Jahre lang zweimal in der Woche gedeckt war; an ihr saßen Hume, Adam Smith, Sterne, Gibbon, Franklin und Beccaria. Rousseau kam, zerstritt sich und hinterließ dem Kreis einen verächtlichen Namen, der ihm seither anhängt. Diderots Hand steckt irgendwo in den Büchern; Naigeon brachte die Manuskripte nach Amsterdam, wo Marc-Michel Rey sie druckte. Zurück über die Grenze kamen sie geschmuggelt.
Das Pariser Parlement verurteilte System der Natur am 18. August 1770 zur Verbrennung. Voltaire, der vom Atheismus nichts wissen wollte, griff es in seinem Philosophischen Wörterbuch an; Friedrich der Große, der ebenso wenig davon wissen wollte, verfasste eine eigene Widerlegung; dem jungen Goethe war es so trostlos, dass es ihn dauerhaft gegen die französische Philosophie einnahm. In denselben Jahren brandmarkten die Gerichte die Boten der Buchhändler und schickten sie auf die Galeeren, weil sie verbotene Titel befördert hatten. Angeklagt wurde der Autor nie. Er starb am 21. Januar 1789 in seinem Bett und wurde in einer katholischen Kirche bestattet, ohne je öffentlich zugegeben zu haben, was er geschrieben hatte.
Das Eingeständnis kam von Naigeon; festgeschrieben wurden die Zuschreibungen erstmals 1806, in einer Bibliographie anonymer Werke. Wie viel von der Prosa Diderot gehört, ist bis heute umstritten. Lange galt er als Popularisierer fremder Kühnheit; die heutige Lesart — und mit ihr eine kritische Ausgabe, die derzeit in Oxford entsteht — sieht in seinem Werk stattdessen die vollständigste Formulierung, die die radikale Aufklärung hervorgebracht hat. Seine härteste These ist die bis heute offene: Wenn jede Entscheidung eine Ursache hat, was bleibt dann von der Schuld?