Um 1795 hatte die deutsche Philosophie ein Problem mit der Natur. Kant hatte gezeigt, dass wir die Welt nur so erkennen, wie unser Verstand sie ordnet; Fichte, einer der Begründer des deutschen Idealismus, baute daraus ein System, in dem alles vom Ich ausging und die Natur nur noch der Widerstand war, an dem das Ich sich abarbeitete. Toter Stoff hier, freier Geist dort. Wer damals Magnetismus, Elektrizität oder Chemie betrieb, fand in dieser Aufteilung nichts von dem wieder, was er im Versuch vor sich sah.
Schelling widersprach: Die Natur ist nicht das Gegenteil des Geistes, sie ist Geist, der noch nicht zu sich gekommen ist. Alles Lebendige geht aus dem Kampf entgegengesetzter Kräfte hervor – der Magnet ist die Einheit, die aus zwei Polen entsteht – , und dieselbe Produktivität, die Kristalle und Organismen hervorbringt, kommt im menschlichen Bewusstsein zu sich selbst. Damit war die Natur kein Rest mehr, den die Philosophie liegen lassen durfte, sondern ihr Anfang.
Er kam früh und schnell. Mit fünfzehn nahm ihn das Tübinger Stift auf, wo der Dichter Hölderlin und Hegel, beide fünf Jahre älter, seine Stubengenossen wurden; mit zwanzig erschien seine erste eigene Schrift, Vom Ich als Prinzip der Philosophie; mit dreiundzwanzig saß er, von Goethe befördert, auf einer außerordentlichen Professur in Jena, mitten in der Frühromantik. Die Ideen zu einer Philosophie der Natur von 1797 und das System des transzendentalen Idealismus von 1800 wirkten sofort. Zwischen 1800 und 1830 prägte seine Naturphilosophie in Deutschland fast jedes Fach der Naturwissenschaft; Ørsted, der den Zusammenhang von Elektrizität und Magnetismus experimentell nachwies, war sein Schüler.
Der Erfolg kostete ihn seine Bündnisse. 1802 brach der Briefwechsel mit Fichte ab, der eine Natur mit eigenem Recht nicht zulassen wollte. Mit Hegel gab er im selben Jahr noch gemeinsam eine Zeitschrift heraus. 1807 rückte Hegel dann in der Vorrede zur Phänomenologie des Geistes ausdrücklich von dem Gedanken ab, Natur lasse sich nur anschauen und nicht begreifen; damit war die Zusammenarbeit beendet. Würzburg hielt ihn drei Jahre, dann ging er 1806 in den bayerischen Staatsdienst und blieb vierzehn Jahre ohne Lehrstuhl.
Dann, 1809, das Buch, das alles offenlegte. Die Philosophischen Untersuchungen über das Wesen der menschlichen Freiheit setzen das Böse nicht als Mangel an, sondern als wirkliches Vermögen: Frei ist nur, wer das Gute und das Böse kann. Und weil Schelling die Welt aus Gott herleitet, muss er die Bedingung dafür in Gott selbst suchen – einen dunklen, drängenden Grund, der der Vernunft vorausgeht und in ihr nie ganz aufgeht. Für so etwas hatte das Absolute seiner frühen Jahre keinen Platz gehabt.
Es blieb das letzte seiner großen Werke, das zu Lebzeiten erschien. Im September desselben Jahres starb seine Frau Caroline an einer Durchfallerkrankheit. Die Weltalter, an denen er danach jahrzehntelang arbeitete, blieben in Entwürfen liegen.
1841 berief Friedrich Wilhelm IV. den Sechsundsechzigjährigen nach Berlin, mit dem offenen Auftrag, den Hegelianismus zu brechen. Im Hörsaal saßen Kierkegaard, Engels, der Anarchist Bakunin, der Historiker Burckhardt, Leopold von Ranke, der Begründer der quellenkritischen Geschichtsschreibung, und der Naturforscher Alexander von Humboldt. Die Enttäuschung kam rasch, der Auftrag scheiterte.
Was blieb, war die Unterscheidung, auf die seine späten Jahre hinausliefen: Die Vernunft kann sagen, was etwas ist, nicht dass es ist. Dass überhaupt etwas da ist, lässt sich nicht ableiten.
Das 19. Jahrhundert überging ihn, das 20. las ihn wieder: Heidegger hielt Vorlesungen über die Freiheitsschrift, und die Existenzphilosophie wie die Theorien des Unbewussten knüpften an ihn an. Gestorben ist er 1854 in Bad Ragaz in den Schweizer Alpen. Sein Grabmal dort ließ König Maximilian II. errichten und nannte ihn darauf Deutschlands ersten Denker.