1882 suchte Joseph Kürschner, Herausgeber einer großen volkstümlichen Reihe deutscher Klassiker, einen Bearbeiter für Goethes naturwissenschaftliche Schriften. Auf Rat von Karl Julius Schröer, Professor für deutsche Literatur an der Technischen Hochschule Wien, vertraute er die Aufgabe einem Einundzwanzigjährigen an. Rudolf Steiner, Sohn eines Bahntelegrafisten, war mit einem Stipendium nach Wien gekommen, um Mathematik und Naturwissenschaften zu studieren; 1883 ging er ohne Abschluss. Goethe hielt ihn fünfzehn Jahre lang fest, ab 1890 im Goethe-Archiv in Weimar, und an Goethe fand er seine Frage. Goethe hatte die Idee in der Pflanze selbst gesucht. Als er Schiller seine Urpflanze skizzierte, erwiderte dieser, das sei eine Idee, nichts Gesehenes. Steiner stellte sich auf Goethes Seite, und aus dieser Entscheidung wuchs die These, die er sein Leben lang verteidigte: Das Denken, genau beobachtet, ist keine Wand zwischen uns und der Welt, sondern der Ort, an dem wir ihr begegnen.
An den Universitäten lehrte man das Gegenteil. Die Kantianer hielten daran fest, dass der Geist nur seine eigenen Vorstellungen erkennt, nie die Welt dahinter. Steiner antwortete ihnen in seiner Dissertation Die Grundfrage der Erkenntnistheorie, die 1891 in Rostock mit der schlechtesten Note angenommen wurde: Den Inhalt des Denkens bringen wir selbst hervor und können ihn bis ans Ende verfolgen – hier wenigstens erkennen wir etwas von innen. Die Philosophie der Freiheit (1894) gründete darauf eine Ethik. Frei ist eine Tat, so das Buch, wenn sie aus einer Idee hervorgeht, die der Handelnde selbst erfasst hat – nicht aus einem Befehl, nicht aus Pflicht im Sinne Kants, nicht aus einem Trieb. Eduard von Hartmann, der Philosoph des Unbewussten, schickte sein Exemplar mit Einwänden übersät zurück. Robert von Zimmermann, dessen Vorlesungen Steiner in Wien gehört hatte, nannte das Buch einen theoretischen Anarchismus, der selbst Nietzsche übertreffe. Von tausend Exemplaren waren bis 1907 rund vierhundert verkauft.
In den 1890er-Jahren schrieb Steiner als Freidenker und berief sich auf Stirner, Nietzsche und den Darwinisten Ernst Haeckel. 1895 veröffentlichte er ein Buch zu Nietzsches Lob. Ab 1897 gab er in Berlin das Magazin für Literatur heraus, das Leser verlor, als er sich in der Dreyfus-Affäre hinter Zola stellte; ab 1899 unterrichtete er an einer sozialistischen Arbeiterbildungsschule.
Die Wende kam 1900. Graf und Gräfin von Brockdorff luden ihn ein, in ihrer Theosophischen Bibliothek in Berlin zu sprechen, zuerst über Nietzsche, dann über die Mystiker. 1902 wurde er Generalsekretär der Deutschen Sektion der Theosophischen Gesellschaft. Seine Autobiografie, die bei seinem Tod unvollendet blieb, nennt die 1890er-Jahre eine Prüfung seiner Seele; die Entwicklung um 1900 führt sie auf ein inneres Erleben von Christi Tod und Auferstehung zurück, das Steiner das Mysterium von Golgatha nannte. Nun war er überzeugt, ein geschulter Geist könne eine geistige Welt so genau wahrnehmen wie die Sinne die physische, und nannte, was dabei herauskam, Geisteswissenschaft. Theosophie (1904) beschrieb den Menschen, der durch wiederholte Erdenleben geht, Wie erlangt man Erkenntnisse der höheren Welten? druckte die Übungen dazu ab, und Die Geheimwissenschaft im Umriß (1910) entwarf eine Geschichte des Kosmos. Das philosophische Fundament all dessen sah Steiner in Die Philosophie der Freiheit. Ob die Wende ein Bruch war oder sein früheres Denken fortsetzte, ist in der Forschung bis heute umstritten; der Religionshistoriker Helmut Zander betont die Kontinuität. Kein wissenschaftliches Gremium hat die geistigen Befunde anerkannt.
Als Annie Besant, die Präsidentin der Theosophischen Gesellschaft, den jungen Jiddu Krishnamurti als Träger eines kommenden Weltlehrers herausstellte, verweigerte sich Steiner; im März 1913 löste die Gesellschaft ihre Deutsche Sektion auf. Seine Anhänger hatten da bereits die Anthroposophische Gesellschaft gegründet und den Namen einem Buch Zimmermanns entnommen. In Dornach bei Basel errichteten sie das erste Goetheanum, einen Holzbau.
Das Dauerhafteste entstand nach dem Krieg. Im September 1919 öffnete in Stuttgart eine Schule für die Kinder der Arbeiter von Emil Molts Zigarettenfabrik Waldorf-Astoria. Aus Steiners Vorträgen gingen die anthroposophische Medizin hervor und 1924 die biologisch-dynamische Landwirtschaft. Adolf Hitler griff ihn 1921 in einem Artikel an; 1922 stürmten Störer bei einem Vortrag in München die Bühne. In der Silvesternacht 1922 brannte das Goetheanum nieder, Polizeiberichte deuteten auf Brandstiftung. Steiner starb am 30. März 1925 in Dornach. Er hatte rund sechstausend Vorträge gehalten.
In diesen Vorträgen liegt sein umstrittenstes Erbe, denn sie enthalten Passagen über Rassen. Eine Kommission, eingesetzt von der Anthroposophischen Gesellschaft in den Niederlanden, kam im Jahr 2000 zu dem Ergebnis, dass sechzehn solcher Stellen in rund 89.000 gedruckten Seiten heute als diskriminierend gelten würden; eine Rassentheorie fand sie im Werk nicht. Der Historiker Peter Staudenmaier, ein Kritiker der Bewegung, findet bei Steiner antisemitische und philosemitische Ansichten nebeneinander. Die akademische Philosophie befasst sich bis heute selten mit Die Philosophie der Freiheit.