Im Februar 1901 erklärte der Heilige Synod, das Leitungsgremium der Russisch-Orthodoxen Kirche, die Kirche betrachte Graf Lew Tolstoi nicht länger als ihr Mitglied, und so bleibe es, bis er bereue. Ausgeschlossen war damit der Verfasser von Krieg und Frieden und Anna Karenina. Im April antwortete Tolstoi, der Beschluss treffe zu: Er habe sich von der Kirche losgesagt, um Gott besser zu dienen. Da verfocht er bereits seit zwanzig Jahren eine einzige Behauptung. Jesus habe in der Bergpredigt genau das gemeint, was er sagte, und als er seinen Zuhörern gebot, dem Bösen nicht zu widerstehen, habe er jede Form von Gewalt ausgeschlossen – auch die Heere, Gerichte, Gefängnisse und Hinrichtungen, auf die jeder Staat angewiesen ist.
Die Behauptung erwuchs aus einer Krise. Ende der 1870er-Jahre ging Tolstoi auf die fünfzig zu. Er hatte eine liebende Frau, Kinder, großen Landbesitz, die beiden großen Romane lagen hinter ihm – und er fand keine Antwort auf eine einzige Frage: Was sollte aus alledem werden? Er schaffte eine Schnur aus seinem Zimmer, um sich nicht an einem Balken zu erhängen. Die Philosophie half ihm nicht. Schopenhauer, der deutsche Pessimist, den er zehn Jahre zuvor mit Begeisterung gelesen hatte, schien jetzt nur zu bestätigen, dass das Leben keinen Sinn habe. Halt gab ihm das Beispiel der Bauern ringsum, die lebten und starben, ohne dass die Frage sie quälte. In Meine Beichte kam er zu dem Schluss, Glaube sei nicht die Zustimmung zu dem, was einem gesagt wird, sondern das Wissen um den Sinn des Lebens – jenes Wissen, das einen Menschen weiterleben lässt.
Eine Überzeugung war älter als die Krise. 1857 sah er in Paris zu, wie ein Mann guillotiniert wurde. Später schrieb er, dieser Anblick habe ihm gezeigt, dass keine Theorie des Fortschritts eine solche Tat rechtfertigen könne: Über das Gute urteile weder die öffentliche Meinung noch der Fortschritt, sondern sein eigenes Herz. Diese Regel – einer schlichten moralischen Wahrnehmung mehr zu trauen als jedem System, das sie wegerklärt – zieht sich durch alles, was er nach der Krise schrieb. Um zu erfahren, was Jesus gelehrt hatte, ging er auf den griechischen Text der Evangelien zurück und ließ beiseite, was die Kirche darüber sagte; am Ende bestritt er, dass Jesus Gott war. In Das Reich Gottes ist inwendig in Euch (1893) zog er die politische Konsequenz: Staatliche Herrschaft beruht auf Gewalt, und wer die Lehre Jesu als Lebensweise annimmt, kann an dieser Herrschaft keinen Anteil haben.
Die Duchoborzen, eine pazifistische Sekte, verbrannten 1895 ihre Waffen und wurden daraufhin verfolgt. Als sie Russland verlassen durften, bezahlte Tolstoi mit den Tantiemen seines Romans Auferstehung etwa ein Drittel der Auswanderungskosten; rund 7500 von ihnen erreichten 1899 Kanada. Die meisten seiner religiösen Bücher waren in Russland verboten. Sie erschienen in Genf, Paris und England und gingen in Russland selbst in Abschriften von Hand zu Hand; die Zensoren nannten Das Reich Gottes ist inwendig in Euch das schädlichste Buch, das sie je verboten hatten.
Seinen bekanntesten Leser fand dieses Buch im Ausland: 1894 las es Mohandas Gandhi, damals ein junger Anwalt in Südafrika, auf Englisch, und nach seinem eigenen Zeugnis hat es ihn dauerhaft von der Gewaltlosigkeit überzeugt. Vor allem über Gandhi erreichten Tolstois Gedanken zum gewaltlosen Widerstand später auch Martin Luther King Jr., den amerikanischen Bürgerrechtler. 1895 antwortete die russische Ärztin Maria Manaseina auf das Buch und nannte sein Programm eine passive Anarchie. Der Philosoph Ludwig Wittgenstein diente 1914 als Freiwilliger im österreichisch-ungarischen Heer. Im selben Jahr kaufte er in einer Buchhandlung in Tarnów Tolstois Kurze Darlegung des Evangeliums und trug sie überallhin bei sich; seine Kameraden nannten ihn „den Mann mit dem Evangelium“. Isaiah Berlin, der Oxforder Ideenhistoriker, vertrat 1951 die These, Tolstois Begabung habe darin gelegen, die Welt in unzähligen Einzelheiten zu sehen, seine Überzeugung aber darin, dass man sie durch eine einzige Idee sehen müsse.
Im Mai 1908, mit neunundsiebzig Jahren, las er, dass in Cherson Bauern gehängt worden waren, und schrieb den Artikel „Ich kann nicht schweigen“: Die Hinrichtungen würden in seinem Namen vollzogen. Im Juli wurde jede russische Zeitung, die Auszüge daraus druckte, mit einer Geldstrafe belegt. Ende Oktober 1910 verließ er nachts heimlich sein Gut Jasnaja Poljana. Unterwegs erkrankte er an einer Lungenentzündung und starb zehn Tage nach dem Aufbruch auf dem kleinen Bahnhof Astapowo.