Die Bostoner Unitarier hatten die Dreifaltigkeit aufgegeben und stützten, was vom Christentum übrig blieb, auf Beweise. Andrews Norton, Bibelwissenschaftler in Harvard, hielt die in den Evangelien berichteten Wunder für den Beweis, dass die Religion wahr sei. Ralph Waldo Emerson wuchs in diesem Glauben auf: Sein Vater war Pfarrer der Bostoner First Church, und im März 1829 wurde Emerson selbst zum zweiten Pfarrer der Second Church ordiniert. Die These, die er sein restliches Leben lang vertrat, machte diese Beweise überflüssig. Jeder Mensch, so Emerson, kann unmittelbar erkennen, was wahr und richtig ist, indem er dem traut, was er selbst sieht, und braucht kein Wunder, keine Schrift und keine Kirche, die dafür bürgt.
Zuerst kam der Bruch mit dem eigenen Beruf. Seine erste Frau, Ellen Tucker, starb im Februar 1831 an Tuberkulose, und im Juni 1832 notierte er in seinem Tagebuch, das Pfarramt sei ein veralteter Beruf. Im September erklärte er seiner Gemeinde, er könne das Abendmahl, Brot und Wein der Kommunion, nicht länger austeilen, und trat zurück.
An die Stelle der Kanzel trat der Vortragssaal. Am 5. November 1833 hielt er „The Uses of Natural History“, den ersten von rund 1.500 Vorträgen; in den 1850er-Jahren waren es bis zu achtzig im Jahr, und sie führten ihn nach Westen bis St. Louis. Sein erstes Buch, Die Natur, kam im September 1836 in den Handel, auf eigene Kosten und ohne seinen Namen gedruckt. Es vertrat die These, die natürliche Welt sei eine Sprache, in der jede Tatsache für eine geistige steht; wer sie aufmerksam liest, braucht keine Kirche dazwischen.
Harvard hörte das Argument zweimal. In „The American Scholar“, am 31. August 1837 vor der Phi Beta Kappa Society gehalten, forderte er die Studenten auf, von der Natur und vom eigenen Handeln zu lernen, bevor sie aus europäischen Büchern lernten. Am 15. Juli 1838 sagte er, eingeladen vom Abschlussjahrgang der Divinity School, den künftigen Pfarrern, die Kirche habe Jesus zu einem Wundertäter der Vergangenheit gemacht, und jeder von ihnen solle aus einer Erfahrung Gottes aus erster Hand predigen. Norton griff das neue Denken in einer Schrift als moderne Form des Unglaubens an. Emerson antwortete nicht, und Harvard lud ihn fast dreißig Jahre lang nicht mehr als Redner ein.
„Self-Reliance“, in den Essays von 1841, gibt der These die Gestalt, in der sie am häufigsten zitiert wird. Was ein Mensch im Stillen als wahr erkennt, erweist sich, wenn er ihm ganz vertraut, als wahr für alle, und der Druck zur Anpassung – an eine Kirche, eine Partei, sogar an die eigenen früheren Äußerungen – hindert die meisten daran, zu wissen, was sie wissen. „The Over-Soul“ im selben Buch liefert den Grund: Jeder Mensch hat teil an einem einzigen Geist. Im Januar 1842 starb sein fünfjähriger Sohn Waldo an Scharlach. „Experience“, der Essay, den er aus diesem Verlust heraus schrieb, gesteht, dass die Trauer ihn nichts gelehrt hat, und beschreibt das Leben als Folge von Stimmungen ohne Standpunkt außerhalb; neben Die Natur gestellt, liest er sich wie eine Revision.
Zur Politik fand er spät: Erst ab 1844 sprach er regelmäßig gegen die Sklaverei. Der neue Fugitive Slave Act verpflichtete Beamte und Bürger der freien Staaten, Menschen, die der Sklaverei entkommen waren, zurückzubringen; im Mai 1851 sagte er einem Publikum in Concord, dieses Gesetz solle jeder von ihnen brechen. Lebensführung von 1860 beginnt mit „Fate“. Manche Passagen darin behandeln ganze Völker als durch ihre körperliche Beschaffenheit festgelegt, und heutige Leser heben sie als verstörend hervor. 1870 lud Harvard ihn zurück, um Vorlesungen über Philosophie zu halten; als er die Reihe 1871 wiederholte, begann sein Gedächtnis nachzulassen.
Friedrich Nietzsche las die Essays in deutscher Übersetzung und schrieb Passagen aus „History“ und „Self-Reliance“ in seine Notizbücher ab. Emersons Gedanken über Wandel und über das Ideale im Alltäglichen ziehen sich durch den Pragmatismus seines Patensohns William James und den John Deweys. Ein Jahrhundert nach seinem Tod machte der Philosoph Stanley Cavell ihn zu einer Hauptquelle dessen, was Cavell moralischen Perfektionismus nannte: die Auffassung, dass ein Selbst nie fertig ist und stets unterwegs zu einem besseren Selbst, das es noch nicht erreicht hat, aber erreichen kann.