James Mill, Historiker Britisch-Indiens und Anhänger des Rechtsreformers Jeremy Bentham, schickte seinen ältesten Sohn nicht zur Schule, sondern unterrichtete ihn an dem Tisch, an dem er sein eigenes Geschichtswerk schrieb. Mit drei Jahren lernte der Junge Griechisch, mit acht Latein, und von da an brachte er seinen jüngeren Geschwistern bei, was er selbst lernte. Die Erziehung hatte einen Zweck: Sie sollte jemanden hervorbringen, der Benthams Sache in die nächste Generation trug. Diese Sache war der Utilitarismus, die Lehre, dass jedes Gesetz und jede Handlung an einem einzigen Maßstab zu messen seien: ob sie das Glück der Menschen mehren. John Stuart Mill las Bentham im Winter 1821/22, mit fünfzehn Jahren, und schrieb später, die Lektüre habe ihm ein Glaubensbekenntnis gegeben und, im besten Sinne des Wortes, eine Religion. An dem Maßstab hielt er sein Leben lang fest. Das darauf errichtete Glaubensbekenntnis aber ließ ihn im Stich, und damit begann das Werk, für das er in Erinnerung geblieben ist.
Im Herbst 1826, zwanzig Jahre alt, fragte er sich, ob es ihn glücklich machen würde, wenn alle Reformen, für die er arbeitete, auf einen Schlag verwirklicht wären. Die Antwort, so hält er fest, lautete nein. Die Niedergeschlagenheit, die folgte, dauerte Monate. In seiner Autobiography gab er selbst die Erklärung dafür: Seine Ausbildung habe nur aus Analyse bestanden, und die Gewohnheit des Analysierens zehre die Gefühle auf. Erste Erleichterung brachten die Memoiren des französischen Schriftstellers Jean-François Marmontel: Eine Stelle darin rührte ihn zu Tränen. Im Herbst 1828 las er die Gedichte von William Wordsworth und fand in ihnen die Erziehung der Gefühle, die seine Ausbildung ausgelassen hatte. Er zog zwei Schlüsse: Glücklich wird nur, wer etwas anderes anstrebt als das Glück, und die Gefühle eines Menschen müssen ebenso gebildet werden wie sein Verstand.
Seinem Berufsleben war davon nichts anzumerken. Der Vater hatte dem Siebzehnjährigen im Mai 1823 eine Stelle bei der Ostindien-Kompanie verschafft, und der Sohn blieb fünfunddreißig Jahre, bis das Parlament 1858 die Herrschaft der Kompanie in Indien beendete. Seine Philosophie schrieb er neben dem Dienst. 1838 legte er in einem Aufsatz über Bentham die Irrtümer und Lücken in der Philosophie seines Lehrers dar.
Das Werk System der deductiven und inductiven Logik (1843) vertritt die These, dass alles Wissen aus der Erfahrung stammt, die Arithmetik eingeschlossen; wer sich auf die Intuition beruft, schützt demnach die herrschende Meinung vor der Prüfung. Der Utilitarismus (1861) behält Benthams Maßstab bei und berichtigt ihn: Freuden unterscheiden sich der Art nach, und die des Geistes stehen über denen des Körpers. Über die Freiheit (1859) lehrt, dass die Gesellschaft einen Erwachsenen nur zwingen darf, um Schaden von anderen abzuwenden, und dass in einer Demokratie der Druck der Mehrheitsmeinung den Einzelnen stärker bedroht als jedes Gesetz. Dieses Buch erarbeitete er gemeinsam mit Harriet Taylor Mill, die er 1830 kennengelernt und 1851 geheiratet hatte. Von ihr, sagte er, habe er über zwei Dinge mehr gelernt als aus allen anderen Quellen zusammen: über die letzten Ziele des menschlichen Lebens und darüber, was sich praktisch tun lässt, um sie zu erreichen.
1865 schickten ihn die Wähler von Westminster ins Parlament, obwohl er sich geweigert hatte, um Stimmen zu werben oder Geld für die Wahl auszugeben. Am 20. Mai 1867 beantragte er, die Reform Bill solle Frauen das Wahlrecht zu denselben Bedingungen geben wie Männern, und unterlag mit 73 zu 196 Stimmen; im Jahr darauf verlor er den Sitz. Mill starb im Mai 1873 in Avignon und wurde neben seiner Frau begraben, die 1858 dort gestorben war. Seine Stieftochter Helen Taylor gab die Autobiography heraus, die von der Krise von 1826 berichtet; sie erschien noch im selben Jahr.
1903 erhob der Cambridger Philosoph G. E. Moore den Vorwurf, Der Utilitarismus verwechsle, was Menschen begehren, mit dem, was sie begehren sollen. Dieses Buch und Über die Freiheit werden bis heute an den Universitäten gelesen, und noch immer streiten die Leser darüber, was als Schaden zählt.