1837 las Hans Lassen Martensen, ein junger Theologe, der eines Tages an der Spitze der dänischen Kirche stehen sollte, an der Universität Kopenhagen über spekulative Dogmatik, und unter den Studenten wurde Hegels Philosophie zur Mode. Die dänischen Hegelianer lehrten, die Philosophie könne den Glauben begreifen und in sich aufnehmen; Christentum, Geschichte und Logik fügten sich zu einem einzigen, abgeschlossenen System. Im Hörsaal saß Søren Kierkegaard, dem Martensen drei Jahre zuvor Privatunterricht gegeben hatte. Sein Leben lang schrieb er gegen dieses System an, denn es ließ das Einzige aus, worauf es ankam: den Menschen, der leben, wählen und glauben muss und nichts davon durch Verstehen erledigen kann. Christ zu sein war für ihn nichts, was ein Däne mit der Taufe erbte oder am Ende einer Beweisführung erreichte. Es war eine Aufgabe, die jeder allein auf sich nehmen musste – und die meisten seiner Landsleute hatten sie, so sah er es, nie auch nur begonnen.
Sein Christentum lernte er zuerst zu Hause. Der Vater, Michael Pedersen Kierkegaard, ein Strumpfwarenhändler aus Jütland, der in Kopenhagen reich geworden war, erzog seine Kinder in einem frommen Luthertum mit Anklängen an die Herrnhuter Brüdergemeine. Der frühe Tod zog sich durch die Familie: Von den sieben Kindern überlebten nur Søren und sein Bruder Peter Christian das Alter Christi, dreiunddreißig Jahre, und Sørens Tagebuch spricht von einem Fluch, der auf der Familie liege. Als der Vater 1838 starb, hinterließ er Søren genug Geld, um ohne Amt leben zu können. 1840 bestand Søren das theologische Examen und verlobte sich mit der achtzehnjährigen Regine Olsen. Der Weg zu Pfarrstelle und Ehe lag offen vor ihm, und binnen eines Jahres hatte er ihn verlassen. Im August 1841 schickte er Regine den Ring zurück, im Herbst löste er die Verlobung endgültig und ging nach Berlin, wo er den Philosophen Schelling hörte und einen großen Teil von Entweder/Oder schrieb. Über seine Gründe streitet die Forschung bis heute.
Die Bücher der folgenden Jahre erschienen größtenteils unter erfundenen Namen: Victor Eremita, Johannes de silentio, Vigilius Haufniensis, Johannes Climacus. Jedes Pseudonym verkörpert eine eigene Art, ein Leben zu verstehen – der Ästhet, der interessante Augenblicke sammelt, der Richter, der sich an eine Ehe bindet –, und die Wahl zwischen ihnen bleibt dem Leser überlassen. Kierkegaard nannte das indirekte Mitteilung: Was ihm wichtig war, ließ sich nicht als Ergebnis überreichen; jeder Leser musste es selbst ergreifen.
Am schärfsten fasste Johannes Climacus den Gedanken 1846 in dem Buch Abschließende unwissenschaftliche Nachschrift: Die Wahrheit ist die Subjektivität. Bei den Fragen, an denen ein Leben hängt, zählt das Wie eines Glaubens – mit welcher Leidenschaft, unter welchem Risiko – ebenso viel wie sein Was. Die Gelehrsamkeit kann die Wahrheit des Christentums höchstens wahrscheinlich machen; der Glaube ist deshalb eine Entscheidung, ein Sprung, niemals das Ergebnis eines Beweises. Zu Kierkegaards Lebzeiten wurden von dem Buch etwa fünfzig Exemplare verkauft.
Es kam heraus, als das satirische Wochenblatt Corsaren ihn gerade karikierte. Im Dezember 1845 hatte er P. L. Møller bloßgestellt, einen Kritiker, der anonym für das Blatt schrieb, und die Zeitung herausgefordert, ihn anzugreifen. Monatelang zeichnete sie ihn nun als schmächtigen, gebeugten Mann in Hosen mit ungleich langen Beinen, und in den Straßen, durch die er täglich ging, wurde er zur Witzfigur. In Eine literarische Anzeige, die in jenen Wochen entstand, beschrieb er, wie die Presse das Publikum hervorbringt – eine Menge, die nie zusammenkommt und für nichts einsteht –, und setzte ihm nur eines entgegen: den Einzelnen.
Sein letzter Kampf, der mit der Kirche selbst, begann mit einer Gedenkpredigt. Im Januar 1854 starb Bischof Jakob Peter Mynster, der Seelsorger seines Vaters, und Martensen, der ihm bald als Bischof von Seeland nachfolgen sollte, rühmte ihn in dieser Predigt als einen wahren Wahrheitszeugen. Am 18. Dezember 1854 fragte Kierkegaard in der Zeitung Fædrelandet, ob das stimme. Es folgten weitere Artikel, dann ein eigenes Blatt, Der Augenblick, mit einer einzigen These: Das Christentum des Neuen Testaments gebe es in Dänemark nicht mehr. Neun Nummern waren erschienen, als er zusammenbrach; am 2. Oktober 1855 brachte man ihn ins Frederiks Hospital. Dort lehnte er es ab, das Abendmahl von einem Pfarrer zu empfangen, denn die Geistlichen galten ihm als Staatsbeamte. Er starb am 11. November, zweiundvierzig Jahre alt.
Außerhalb Dänemarks las ihn jahrzehntelang kaum jemand. Der dänische Kritiker Georg Brandes veröffentlichte 1877 eine Studie über ihn, und der deutsche Theologe Christoph Schrempf begann 1890, ihn ins Deutsche zu übersetzen. Nach dem Ersten Weltkrieg griffen die Theologen um Karl Barth ihn auf, Martin Heidegger schöpfte in Sein und Zeit aus ihm, und er prägte die Existenzphilosophie von Karl Jaspers und den Existenzialismus Jean-Paul Sartres.