In der Kirche des frühen 16. Jahrhunderts kam die Vergebung in Stufen. Der Sünder sollte bereuen, einem Priester beichten und Genugtuung leisten – durch Gebete, Fasten und Almosen für die Strafe, die an der Sünde noch haftete. Was danach übrig blieb, ließ sich im Fegefeuer abbüßen oder durch einen Ablass tilgen, einen Nachlass, den die Kirche gewährte und oft verkaufte. Martin Luther, Jurastudent in Erfurt, trat 1505 in das dortige Augustinerkloster ein, um ein Gelübde zu erfüllen, das er nach eigener Aussage in einem Gewitter abgelegt hatte. Seine ersten Jahre als Mönch brachten ihm, was er später Anfechtungen nannte: Anfälle der Verzweiflung darüber, ob Gott ihn je annehmen könne.
Die Antwort, die er fand, ist bis heute der Gedanke, der mit seinem Namen verbunden ist. Vor Gott gerecht – gerechtfertigt, mit dem Wort, das er von Paulus übernahm – wird der Mensch durch nichts, was er tut. Gerechtfertigt wird er, indem er Gottes Zusage der Vergebung vertraut, und diese ist ein Geschenk, das sich nicht verdienen lässt. Gute Werke folgen aus diesem Vertrauen, bringen es aber nie hervor: Ein guter Mensch tut gute Werke, wie ein guter Baum gute Früchte trägt. Luther führte die Entdeckung auf einen Vers im Römerbrief des Paulus über die Gerechtigkeit Gottes zurück. In einer Vorrede von 1545 schrieb er, er habe diesen Ausdruck gehasst, weil er ihn als die Gerechtigkeit las, mit der Gott die Sünder straft – bis er ihn als die Gerechtigkeit verstand, die Gott den Glaubenden schenkt. Wann das geschah, ist unter Forschern umstritten; die vorgeschlagenen Daten reichen von etwa 1514 bis 1518 oder später.
Am 31. Oktober 1517 schickte Luther, inzwischen Professor für Bibelauslegung in Wittenberg, Albrecht, dem Erzbischof von Mainz, lateinische Thesen gegen den Ablasshandel in dessen Gebieten. Bis 1520 hatte er den Angriff vom Ablass auf das gesamte Gefüge der Kirche ausgedehnt. Dem deutschen Adel erklärte er, jeder getaufte Christ sei bereits Priester, sodass ein christlicher Herrscher die Kirche reformieren dürfe, wenn der Klerus es nicht tue. Papst Leo X. exkommunizierte ihn am 3. Januar 1521. Im April verweigerte er auf dem Reichstag zu Worms vor dem Kaiser den Widerruf, und das Edikt, das nach seiner Abreise erging, erklärte ihn für vogelfrei. Friedrich der Weise, Kurfürst von Sachsen, ließ ihn auf der Wartburg verstecken, wo er in elf Wochen das Neue Testament ins Deutsche übersetzte.
Derselbe Gedanke brachte Luther gegen die Philosophie auf, in der er ausgebildet worden war. Die Theologie an den Universitäten ruhte auf Aristoteles, dessen Ethik lehrte, dass man gut wird, indem man gut handelt – genau die umgekehrte Reihenfolge wie bei Luther. 1517 schrieb er Thesen gegen diese scholastische Theologie, und 1520 forderte er die Universitäten auf, die aristotelische Ethik ganz fallen zu lassen. Die Vernunft verwarf er nicht. Für die Angelegenheiten dieses Lebens stellte er sie über alles andere im Menschen; er bestritt nur, dass sie erreichen könne, was Gott verheißt.
Zwei spätere Positionen lasten seither auf seinem Namen. Als sich 1525 im Bauernkrieg überall in Deutschland Bauern erhoben, drängte Luther die Fürsten, sie mit Gewalt niederzuwerfen. In seinen letzten Jahren schrieb er gegen die Juden; Von den Juden und ihren Lügen (1543) forderte, ihre Synagogen und Schulen zu verbrennen. Im Nürnberger Prozess nach dem Zweiten Weltkrieg berief sich Julius Streicher, Herausgeber der NS-Zeitung Der Stürmer, zu seiner Verteidigung darauf. 1994 sagte sich die Evangelical Lutheran Church in America förmlich von diesen Schriften los.
Seine vollständige deutsche Bibel, 1534 erschienen, gehört zu den Büchern, die die deutsche Schriftsprache am stärksten geprägt haben. Philosophen aus lutherischen Ländern, unter ihnen Kant, Hegel und Kierkegaard, griffen seine Fragen nach Gnade, Freiheit und den Grenzen der Vernunft auf. Luther starb am 18. Februar 1546 in Eisleben, der Stadt, in der er geboren worden war.