1516 erschien bei dem Basler Drucker Johann Froben das erste gedruckte griechische Neue Testament, das tatsächlich in den Handel kam – dazu eine neue lateinische Übersetzung und Anmerkungen, die zeigten, wo sich die Vulgata, die lateinische Bibel der Westkirche, vom griechischen Text entfernt hatte. Theologen griffen es fast sofort an. Im alten lateinischen Matthäus fordert Johannes der Täufer seine Zuhörer auf, Buße zu tun; in der neuen Fassung fordert er sie auf, umzukehren. Und es fehlte ein Vers im Ersten Johannesbrief, mit dem man die Dreifaltigkeit bewies: Der Herausgeber hatte ihn in keiner griechischen Handschrift gefunden. Dieser Herausgeber, Erasmus, besaß zwar einen theologischen Doktorgrad aus Turin, doch war er ihm ohne die übliche Studienzeit vor Ort und ohne Prüfungen verliehen worden, und die Fachleute behandelten ihn als Eindringling. Noël Beda, der führende Theologe in Paris, tat ihn als Humanisten ab, der in der Theologie dilettiere. Erasmus entgegnete, einen Text wiederherzustellen sei Arbeit für Philologen, und dafür brauche es keinen Titel.
Die Ausgabe stand im Zentrum eines Anliegens, das er sein Leben lang verfocht – in Satiren, Schulbüchern, Abhandlungen und Briefen. Das Christentum, meinte er, sei in Zeremonien und in der Haarspalterei der Schulen versunken, und der Weg zurück führe zu den Quellen: zu den Evangelien, den Briefen des Paulus und den frühen Kirchenvätern, gelesen in ihren eigenen Sprachen und dann in die Tat umgesetzt. Das Ergebnis nannte er die philosophia Christi, die Philosophie Christi, und meinte damit eine Lebensform, die jedem offensteht, kein Universitätsfach. Er wünschte, jede Frau läse das Evangelium und der Bauer sänge es hinter seinem Pflug.
Zu dieser Haltung gelangte er über Institutionen, die ihn enttäuscht hatten. Als unehelicher Sohn eines Priesters, früh verwaist, ließ er sich von seinen Vormündern bewegen, in das Augustinerkloster Steyn bei Gouda einzutreten, und später sagte er, man habe ihn in seine Gelübde gedrängt. 1495 schickte ihn sein Dienstherr, der Bischof von Cambrai, zum Theologiestudium nach Paris, an das Collège de Montaigu, ein für seine harte Zucht bekanntes Kolleg. Nach eigener Darstellung stieß ihn die dort gelehrte scholastische Theologie ab, und er verdiente seinen Unterhalt als Lehrer wohlhabender junger Männer. Einer von ihnen, William Blount, Lord Mountjoy, nahm ihn 1499 mit nach England. Dort lenkte ihn John Colet, der spätere Dekan von St Paul's, zur Bibel, und die Gelehrten William Grocyn und Thomas Linacre lenkten ihn zum Griechischen.
Das Handbüchlein des christlichen Streiters (1503) erklärte Laien, dass Frömmigkeit im Herzen wohnt, dass Fasten, Wallfahrten und Reliquien nichts wert sind ohne die innere Wandlung, der sie dienen sollen, und dass eine Mönchskutte niemanden fromm macht. Das Lob der Torheit (1511), geschrieben im Londoner Haus von Thomas More, vertrat dieselbe Sache als Scherz aus dem Mund der Torheit, und als Kritiker protestierten, antwortete Erasmus, beide Bücher hätten denselben Gegenstand. In Ratschlägen an Fürsten drängte er die Herrscher, ihre Streitigkeiten vor Schiedsgerichte zu bringen statt in den Krieg.
Dann begann die Reformation. Zeitgenossen hielten Erasmus für den Wegbereiter Martin Luthers, und es ging das Wort um, Erasmus habe das Ei gelegt und Luther es ausgebrütet. Er hatte viele derselben Missstände angegriffen, doch er wollte die Kirche reformiert sehen, nicht gespalten, und jahrelang weigerte er sich, Partei zu ergreifen. 1524 veröffentlichte er widerstrebend Vom freien Willen. Die Methode war ganz seine eigene: Er stellte die Schriftstellen für und gegen den freien Willen nebeneinander, fand, dass sie die Frage nicht entschieden, gestand, er würde sein Urteil am liebsten zurückhalten wie die antiken Skeptiker, und beugte sich der Kirche, die den freien Willen bejahte. Luther antwortete in Vom unfreien Willen (1525), der Heilige Geist sei kein Skeptiker. Als Basel sich 1529 der Reformation anschloss, zog Erasmus ins katholische Freiburg; zwei Jahre später verurteilte die Pariser theologische Fakultät Stellen aus seinen Werken als nicht rechtgläubig.
1559 verbot der erste päpstliche Index der verbotenen Bücher alles, was er geschrieben hatte. Sein griechischer Text, in vier weiteren Ausgaben überarbeitet, lag inzwischen den Neuen Testamenten Luthers und des englischen Bibelübersetzers William Tyndale zugrunde, später auch der King-James-Bibel. Die Aufklärung beanspruchte ihn als Vorläufer der Vernunft, das 20. Jahrhundert als Mann des Friedens. Die Forschung streitet bis heute darüber, ob sein Denken eine Philosophie ergibt und welchem der Alten es am meisten verdankt: Platon, Epikur, den Stoikern oder den Skeptikern. Der Historiker Richard Popkin datierte die Wiederbelebung des Skeptizismus im neuzeitlichen Europa auf den Streit um den freien Willen.