Die Ritualgelehrten der Mīmāṃsā, jener Schule, die die Veden als Sammlung von Geboten las, hielten daran fest, dass die Schrift dazu da ist, den Menschen zu sagen, was sie tun sollen: welches Opfer sie darbringen, wann und für welchen Lohn. Nach ihrer Lesart zählten selbst die Upanishaden, die philosophischen Texte am Ende der Veden, nur insoweit, als sie einer Handlung dienten. Śaṅkara, der berühmteste Lehrer des Advaita-Vedānta, der nichtdualistischen Schule des Vedānta, baute sein Werk darauf, diese Prämisse zu bestreiten. Die Upanishaden, so argumentierte er, gebieten nichts. Sie beschreiben etwas, das bereits wirklich ist: das Selbst, das Brahman ist, die eine höchste Wirklichkeit, reines Gewahrsein ohne Eigenschaften. Weil das Selbst schon ist, was es ist, kann kein Ritual und keine gute Tat es hervorbringen. Was einen Menschen befreit, ist Erkenntnis, und diese Erkenntnis tut nur eines: Sie beseitigt einen Irrtum.
Den Irrtum benennt er in der Vorrede zu seinem Kommentar zu den Brahma-Sūtras. Es ist adhyāsa, die Überlagerung: Jeder verwechselt das Selbst, das nur Zeuge ist, mit Körper und Geist, deren Zeuge es ist, so wie man Perlmutt für Silber hält. Aus dieser Verwechslung entstehen „ich“ und „mein“ und mit ihnen die ganze Welt getrennter Dinge, die dem Nichtwissen, avidyā, angehört und nicht dem, was letztlich wirklich ist. Wenn die Chāndogya-Upanishad einem Schüler sagt: „Das bist du“, nimmt Śaṅkara den Satz als schlichte Identität: Das Gewahrsein im Kern des Schülers ist die Wirklichkeit hinter allem. Schlussfolgern allein kann dies nicht begründen: Die Nichtzweiheit wird aus den Upanishaden erkannt, die ihm als eigenständige Erkenntnisquelle gelten. Dem Argument bleibt eine engere Aufgabe: Einwände auszuräumen. Der Kommentar zu den Brahma-Sūtras tut das der Reihe nach gegenüber der Sāṃkhya-Schule, die die Welt aus unbewusster Materie ableitet, gegenüber den Buddhisten und den Jainas.
Von seinem Leben zeugen allein seine Schriften; alles Übrige stammt aus den Lebensbeschreibungen, die Śaṅkaradigvijaya heißen, „Śaṅkaras Eroberung der Himmelsrichtungen“, verfasst zwischen dem 14. und dem 17. Jahrhundert. Die Tradition, die sie überliefern, lässt ihn in einer Brahmanenfamilie in Kalady in Kerala zur Welt kommen und erzählt, er habe als achtjähriger Junge, beim Baden von einem Krokodil gepackt, seiner Mutter die Erlaubnis abgerungen, Entsagender zu werden. Als seinen Lehrer nennt sie Govinda, einen Schüler Gauḍapādas, jenes früheren Advaita-Lehrers, zu dessen Versen über die Māṇḍūkya-Upanishad Śaṅkara einen Kommentar schrieb. Sie lässt ihn Indien durchqueren, Rivalen im Streitgespräch besiegen, vier Klöster gründen und mit zweiunddreißig Jahren in Kedarnath im Himalaya sterben; andere Berichte verlegen seinen Tod nach Kanchi oder nach Kaschmir. Viele ältere Nachschlagewerke nennen noch die traditionellen Daten 788 bis 820. Die Geschichtsforschung setzt ihn heute in die erste Hälfte des 8. Jahrhunderts, etwa 700 bis 750, und räumt ein, dass kein Zeugnis seine Lebenszeit sicher festlegt.
Von den mehr als dreihundert Werken, die unter seinem Namen überliefert sind, erkennt die moderne Forschung nur wenige an. Die meisten sind Kommentare der Gattung bhāṣya, die einen Grundtext Zeile für Zeile erklären: das Brahmasūtra-bhāṣya, sein Hauptwerk; das Bhagavadgītā-bhāṣya; dazu Kommentare zur Bṛhadāraṇyaka-, Taittirīya-, Aitareya-, Kaṭha-, Praśna-, Īśa- und Māṇḍūkya-Upanishad, der letzte zusammen mit Gauḍapādas Versen über sie. Ein eigenständiger Traktat, die Upadeśasāhasrī, ein Lehrerhandbuch, gilt fast immer als sein Werk. Die Tradition schreibt ihm auch das Vivekacūḍāmaṇi zu, ein Gedicht, doch die meisten modernen Forscher bezweifeln, dass er es verfasst hat. Im Gītā-Kommentar wird das Leben des Entsagenden zur Lehre: Krishna befiehlt Arjuna zu kämpfen, weil Arjuna das Selbst noch nicht kennt, und wer es kennt, gibt das Handeln ganz auf.
Zu seiner Zeit war er nicht der bekannteste Advaita-Autor. Das war bis ins 10. Jahrhundert Maṇḍana Miśra, ein älterer Zeitgenosse, der in der Mīmāṃsā geschult war. Zwei von Śaṅkaras Schülern, Padmapāda und Sureśvara, schrieben Kommentare zu seinem Werk, und das spätere Advaita spaltete sich in zwei Schulen, die jeweils aus einer Kommentarlinie zu seinem Brahmasūtra-bhāṣya hervorgingen. Gegner antworteten ihm über Jahrhunderte, und manche nannten ihn einen verkappten Buddhisten. Rāmānuja, einige Jahrhunderte später Begründer des qualifizierten Nichtdualismus, argumentierte, eine Lehre, die alles Wissen für vom Irrtum durchsetzt erklärt, hebe sich selbst auf; Madhva, im 13. Jahrhundert Begründer der dualistischen Schule, argumentierte, Gott, Seelen und Welt seien wirklich und dauerhaft verschieden. Beide schrieben gegen ihn eigene Kommentare zu den Brahma-Sūtras. Sein Ruhm wuchs vom 14. Jahrhundert an, als die Könige von Vijayanagara das Kloster in Sringeri förderten, das ihn als Gründer beansprucht. Im 19. und 20. Jahrhundert stellten hinduistische Reformer und westliche Gelehrte das Advaita als den Faden dar, der den Hinduismus eint, obwohl die meisten Hindus ihm nicht folgen. Die Oberhäupter mehrerer indischer Klöster tragen bis heute den Titel Śaṅkarācārya, „Lehrer Śaṅkara“.