Im Alexandria des ersten Jahrhunderts spotteten Männer, die unter dem Gesetz des Mose erzogen worden waren, über ihre eigene Bibel: Den Turmbau zu Babel hielten sie für eine Fabel derselben Art wie Homers Giganten, die Berge aufeinandertürmen, um den Himmel zu erreichen. Andere lasen Sabbat und Beschneidung als Sinnbilder für Wahrheiten über die Seele und folgerten, wer die Wahrheit begriffen habe, könne auf den Brauch verzichten. Außenstehende verhöhnten die Beschneidung selbst. Philon von Alexandria verbrachte sein ganzes Schriftstellerleben damit, allen dreien zu antworten. Seine Antwort lautete: Recht gelesen, lehrt das Gesetz des Mose dasselbe wie das Beste der griechischen Philosophie – und Mose hat es zuerst gelehrt.
Diesen Anspruch konnte er erheben, weil er in beiden Welten zu Hause war. Geboren wurde er um 20 v. Chr. in eine der reichsten jüdischen Familien der Stadt. Sein Bruder Alexander, der Alabarch, also der oberste Zollbeamte, bezahlte das Gold und Silber für neun Tore des Tempels in Jerusalem, und Philon selbst reiste mindestens einmal zu diesem Tempel, um zu beten und zu opfern. Seine Bildung dagegen war griechisch: erst Grammatik, dann Geometrie, dann Musik, jede, in seinen Worten, eine Magd, die ihn auf die Philosophie vorbereitete. Seine Bibel las er in der griechischen Übersetzung, der Septuaginta; wie viel Hebräisch er konnte, ist bis heute umstritten.
Die beiden Welten verband er durch die Allegorie: Er las eine Geschichte als verschlüsselte Darstellung von etwas anderem. In seinem langen Kommentar zur Genesis ist Adam der Geist, Eva die Sinneswahrnehmung, die Schlange die Lust. Für die sechs Schöpfungstage griff er zu Platons Timaios: Gott entwirft die Welt zuerst als Plan in seinem Geist und baut dann nach diesem Plan die sichtbare Welt. Dieser Gott liegt jenseits allen menschlichen Erkennens. Zwischen ihm und der Welt steht der Logos, ein griechisches Wort, das Wort und Vernunft zugleich bedeutet. Für Philon ist der Logos das, was menschlicher Geist von Gott verstehen kann, und zugleich die Kraft, die die formlose Masse der Dinge in entgegengesetzte Hälften teilt – warm und kalt, Tag und Nacht – und sie im Gleichgewicht hält. Heraklit hatte sich gerühmt, die Einheit der Gegensätze selbst entdeckt zu haben; Mose, hielt Philon dagegen, habe sie lange vor ihm gelehrt.
Den Allegoristen, die den Brauch aufgaben, sobald sie seinen Sinn erfasst hatten, folgte er dennoch nicht. In Über Abrahams Wanderung legte er dar, dass sich das wörtliche Gesetz zu seiner Bedeutung verhält wie der Leib zur Seele – und dass die Sorge um den Leib die Seele am Leben erhält.
Für diese Arbeit wünschte er sich Muße, und er verlor sie. Mitten in Über die Einzelgesetze, seiner Darstellung des mosaischen Gesetzes für griechische Leser, klagt er, der Neid habe ihn von der Philosophie weg in das Meer der öffentlichen Angelegenheiten gerissen. Ein Ereignis nennt er nicht; gemeint ist am wahrscheinlichsten das Jahr 38 n. Chr. Damals stellte ein Mob Statuen des Kaisers Gaius, genannt Caligula, in den Synagogen Alexandrias auf, trieb die Juden in einem einzigen Viertel der Stadt zusammen und plünderte ihre Häuser. Im Theater wurden 38 Mitglieder des jüdischen Ältestenrats ausgepeitscht. Philon warf dem römischen Präfekten Flaccus vor, die Juden preisgegeben zu haben. Als die Gemeinde 39–40 n. Chr. eine Gesandtschaft zu Gaius schickte, stand Philon nach dem Zeugnis des jüdischen Historikers Josephus an ihrer Spitze. Seine eigene Schrift Gesandtschaft an Caligula zeigt einen Kaiser, der die Gesandten durch die Räume seiner Villen hetzte und dabei Anweisungen zu Fenstern gab. Er wollte wissen, warum sie kein Schweinefleisch äßen, und entließ sie schließlich mit dem Urteil, sie seien eher töricht als böse, weil sie nicht glaubten, dass er ein Gott sei.
Der Sog Roms reichte bis in die eigene Familie. In einem Dialog, der nur auf Armenisch erhalten ist, streitet Philon mit seinem Neffen Tiberius Julius Alexander, der meinte, auch Tiere könnten denken. Josephus schrieb, dieser Neffe habe die Bräuche der Väter nicht bewahrt. Im Jahr 66 n. Chr. wurde er Präfekt von Ägypten und ließ noch im selben Jahr seine Legionen gegen die Juden Alexandrias los; 70 war er bei der Belagerung Jerusalems der Stellvertreter des Titus, des späteren Kaisers.
Philon starb um 50 n. Chr. Seine Bücher sind erhalten, weil Christen sie haben wollten. Clemens von Alexandria, um 200 n. Chr. christlicher Lehrer in derselben Stadt, übernahm seine Deutung von Hagar, der Magd Abrahams: Sie steht für die allgemeine Bildung, die der Philosophie dient. Eusebius, im 4. Jahrhundert Bischof von Caesarea, verzeichnete seine Schriften und hielt die jüdischen Asketen aus Über das betrachtende Leben für frühe christliche Mönche. Die jüdische Überlieferung bewahrte von seinem Denken fast nichts. 1575 widmete ihm Azariah dei Rossi, ein jüdischer Gelehrter in Mantua, vier Kapitel seines Me'or Enajim („Licht der Augen“), warf ihm vor, die Tora auf Griechisch gelesen und zu freizügig allegorisiert zu haben, und wollte ihn weder freisprechen noch verurteilen. 1947 vertrat Harry Wolfson, Philosophiehistoriker in Harvard, die These, Philon habe die Religionsphilosophie von Judentum, Christentum und Islam begründet. Heute zählt die Forschung ihn zu den Mittelplatonikern, den Platonikern der Jahrhunderte um seine eigene Zeit, und streitet noch immer darüber, wie originell er war.